История мальтийского ордена, членов которого называли иоаннитами, начала развиваться в 1530 году, когда император Карл V дал рыцарям в ленное владение Мальту и два соседних острова: Гоццо и Комино. Взамен на это они обязались защищать Средиземное море и его побережья от африканских корсаров и турок. Орден стал неким аванпостом христианских держав против Оттоманской империи, которая в то время была на пике своего могущества.
В 1541 году рыцари ордена оказали поддержку императорским войскам, которые отступали под натиском алжирцев. Своего пика слава Мальтийского ордена достигла во времена правления магистра Ла-Валетта (1557—1568), когда Мальте приходилось выдерживать ужасную осаду турок.
Деятельность рыцарей влияла и на жизнь обычных людей. Они возродили прежний уровень торговли, появились изменения в лучшую строну, началось строительство госпиталей, оборонительных сооружений и укреплений. Это дало работу обычным людям. Необходимые деньги поступали благодаря сбору пожертвований по всей Европе, с доходов самих рыцарей, а также от добычи, захватываемой во время «караванов» — пиратских нападений на разбогатевших купцов-мусульман.
В 1565 году Сулейман Великолепный решил выступить против Мальты, распоряжаясь сильным флотов и многочисленной армией, с целью положить конец рыцарскому ордену. Осада продлилась несколько месяцев и была крайне жестокой. Обо всем этом в музеях Валетты есть подробные описания и документация. Можно узнать, например, что с целью деморализации противника, из обстреливали из пушек головами погибших пленников. Рыцари держались стойко, хотя орден мог противопоставить сорокатысячному войску турок лишь 700 рыцарей и 7500 солдат. Существенную помощь оказало восьмитысячное войско, которое прибыло с подмогой из Сицилии. После четырехмесячной осады рыцари одержали победу, а Сулейман отступил, потеряв 20 000 своего войска. А вот пират Драгут, который пришел ему на помощь, был убит под стенами Ст. -Эльмо пушечным ядром.
После победы рыцари продолжили застраивать Мальту и Гозо. Это стало началом расцвета архитектуры и культуры. Появились красивые постройки, которые и сегодня можно увидеть на Мальте. Но рост благосостояния привел к тому, что орден забыл о своих первоначальных целях. Наполеон воспользовался этим, захватив остров без боя в 1789 году, что привело падению ордена.